安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院。1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年，省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。
学校是国家中医临床研究基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地，国家博士授权单位、硕士研究生推荐免试单位。有少荃湖、梅山路、史河路、六安路四个校区，全日制学生19502人（含博士生135人、硕士生3151人），有17个二级院部（含3所直属附属医院），7所非直属附属医院。
学校现有教职工4754人，其中副高以上职称人员961人。有国医大师2人，国家杰青1人，岐黄学者1人，全国名中医4人，青年岐黄学者3人，皖江学者1人，青年皖江学者3人，省特支计划创新领军人才10人，省杰青5人，省优青4人，国家名老中医学术经验项目指导教师56人，享受国务院特殊津贴27人、省政府特殊津贴12人，安徽省领军人才团队3个，省“115”产业创新团队8个。有博士生导师144人，硕士生导师926人，博士后流动工作站2个。
学校现有28个本科专业，6个国家级一流本科专业建设点，10个省级一流专业建设点，8门国家级一流本科课程。有3个一级学科及1个专业学位类别（领域）博士学位授权点，6个一级学科及4个专业学位类别（领域）硕士学位授权点。有安徽省Ⅱ类、Ⅲ类高峰学科各1个，安徽省高峰培育学科4个，安徽省学科建设重大项目2个，国家中医药管理局重点学科17个，安徽省A类重点学科1个，安徽省B类重点学科12个，进入ESI全球排名前1%学科1个。有国家中医区域医疗中心1个，国家区域中医（专科）诊疗中心3个，国家临床重点专科9个，国家中医药管理局重点学科17个、重点专科22个。
学校以人才培养为第一要务，现有2个国家级教学团队，29个省级教学团队，2个国家级实验教学示范中心，1个国家级中医临床教学培训示范中心，1个国家级专业综合改革试点项目，2个国家级卓越医生（中医）教育培养计划，2位国家中医药高等学校教学名师。获国家级、省级质量工程项目700余项，国家级教学成果一等奖1项、二等奖3项，省级教学成果特等奖6项、一等奖21项。
学校注重学生综合能力培养，设立大学生课外学术科技创新与创业基金和赢卓奖学金，开展“百人获奖、千人参与、万人受益”的大学生知识技能竞赛，获国家级A类赛事一等奖6项。学校重视实践育人，荣获全国大中专学生志愿者暑期“三下乡”社会实践、全国红十字模范单位、 “七彩假期”志愿服务全国示范单位等荣誉称号，1名同学获全国大学生年度人物提名奖。活动优秀单位等荣誉称号。学校近5年毕业生平均就业率94%。
学校大力推进科技强校战略，近5年来，共承担各级科研项目近2000项，其中国家级项目近200项；获省部级以上科技奖励68项，其中国家科学技术二等奖1项，省部级一等奖6项；发表高水平科研论文900余篇，其中中科院二区以上论文200余篇；获授权发明专利60余项。2017年学校获批国家重点研发计划项目，现有12个省级科技创新团队，30个省部级以上科技创新平台。
学校不断强化服务地方经济发展能力，围绕以中医药为主的科技开发和科技服务，加强与地方政府产学研合作，与黄山、亳州、六安等17个市县人民政府及一大批国内知名中医药企业建有50余个产学研合作基地。建立了安徽省中药材科技产业战略联盟，获“全国科技特派员工作先进集体”“中医药科技管理工作先进集体”“推动中医药学术发展特别贡献奖”等称号和荣誉。
学校积极拓展国际教育与交流，与美国、澳大利亚、德国、希腊、马来西亚、日本等20多个国家和地区的40多个医疗和教育机构建立了友好合作关系。在希腊设立安徽省第一个海外中医药中心——安徽中医药大学雅典中医药中心。先后有10多个国家和地区的学员来校攻读博士、硕士、学士学位以及参加中短期培训。
学校注重提升医疗服务水平，第一附属医院是全省最大的三级甲等综合性中医医院；第二附属医院是全国首家也是规模最大的三级甲等针灸专科医院；第三附属医院是国家第三批重点建设的中西医结合医院；国医堂是一所以纯中医方式为主要医疗手段的医疗单位。
目前，学校立足“四新”建设，紧紧围绕“双一流”建设目标，以中医药学科为主体，统筹推进中医药学与理学、工学、管理学、经济学、文学类的协同发展，构建完善多学科交叉融合、相互支撑、协调发展、特色鲜明的学科专业体系。面向未来，学校将继续坚持“质量立校、人才兴校、科技强校、文化润校、依法治校、开放荣校”六大战略，秉持“北华佗、南新安”办学特色，全面构筑中医药人才培养、科技创新、社会服务、文化传承、对外交流高地，引领安徽中医药事业产业发展，为建设现代化美好安徽、服务人民大众健康作出更大贡献。
